V skladu z bogato tradicijo goji Glasbena šola Krško do pouka pihalnih inštrumentov veliko pozornost. Navsezadnje to narekujejo tudi potrebe treh kvalitetnih pihalnih orkestrov, ki delujejo na tem področju. Tako šteje oddelek za pihala skoraj sto učencev, poučujejo pa prav vse pihalne inštrumente. Učenci se redno udeležujejo domačih in mednarodnih tekmovanj mladih glasbenikov in praviloma dosegajo visoke uvrstitve.
Na oddelku veliko pozornosti posvetijo tudi komorni igri, ki v pouk vnaša dodatno svežino in motivacijo. Učenci v višjih letnih načeloma vsi sodelujejo tudi v šolskem pihalnem orkestru, boljši učenci pa tudi v pihalnih orkestrih Krško, Senovo in Kostanjevica ter Simfoničnem orkestru Glasbene šole Krško.
